Pendirian Site Museum Tambaksari berawal dari sejumlah temuan fosil yang berasal dari wilayah ini. Tambaksari adalah desa kecil di Kabupaten Ciamis, Jawa Barat. Kisah temuan fosil-fosil yang tak terhitung jumlahnya di daerah itu sebelumnya adalah secara kebetulan. Bukan oleh arkeolog atau peneliti lainnya, melainkan ditemukan oleh sekelompok murid Sekolah Menengah Pertama Negeri (SMPN) Tambaksari yang dipimpin Darwa Hardiya Ruhyana, seorang guru Ilmu Pengetahuan Alam (IPA).

Fosil pertama ditemukan oleh siswa bernama Yayat Suryati, berupa potongan gigi besar binatang purba yang diperkirakan hidup antara satu-dua juta tahun lalu.  Sekolah tersebut menyimpan ratusan atau mungkin ribuan fosil vertebrata, mamalia, dan moluska. Ada fosil Proximal tibia (pangkal tulang kering gajah purba), Astragalus (tulang tumir I), Molat (M) atau geraham, Distal humerus (ujung tulang lengan), Stegodon Sp (gajah purba), dan banyak lagi. Bahkan karena begitu banyaknya, fosil-fosil tersebut pernah berserakan di lantai, meja laboratorium, dan sebagian lagi disimpan dalam karung.

Untuk penyelamatan  fosil tersebut, berbagai fihak berusaha membantu menyediakan tempat penyimpanan koleksi , diantaranya pihak Museum Geologi pada tahun 1996, menyusul Sekolah Tinggi Teknologi Nasional (STTN) Yogyakarta, Balai Arkeologi Bandung, Pusat Pengembangan Geologi, yang saat itu bekerja sama dengan Universitas Tennessee dan Universitas Alabama, Amerika Serikat.

Situs Tambaksari dianggap sangat potensial, sebagai tempat temuan  fosil-fosil binatang purba, terutama di daerah yang terletak di Urug Kasang. Untuk upaya penyelamatan dan penyimpanan temuan fosil-fosil tersebut, maka Pemerintah Kabupaten Ciamis pada awal tahun 2001 berinisiatif membangun site museum yang dinamakan Gedung Penyelamatan Benda Cagar Budaya Tambaksari. Untuk pentaan koleksinya,  dibantu oleh Pemerintah Provinsi melalui Dinas Pariwisata dan Kebudayaan Provinsi Jawa Barat.

Koleksi Museum   

Koleksi yang tersimpan di Site Museum Tambaksari  terdiri atas (1) Fosil Hewan Kuda Nil (fosil rusuk, fosil sendi, fosil rahang, fosil gigi, fosil taring), (2) Fosil Hewan Gajag Purba (fosil tulang belakang, fosil tengkorak belakang, fosil kaki belakang, fosil rahang belakang, fosil gigi belakang, dan fosil engsel belakang), (3) Fosil Hewan Rusa Purba (fosil sendi, fosil kaki, fosil tulang belakang, fosil rusuk, fosil rahang, fosil tanduk, fosil gigi), (4) Fosil Hewan Sapi (fosil rahang bawah kiri, fosil rahang bawah kanan), (5)  Fosil Tanah (fosil abu kehitaman, abu kecoklatan, dan hitam), (6) Fosil Kayu , (7) Fosil Daun, (8) Fosil Gigi Ikan, (9) Fosil Sisik Ikan, (10) Deposit Kerang, (11) Kerang, (12) Fosil Kura-kura Purba.